Đầu thế kỷ XVII, bộ lạc Sát Cáp Nhĩ cư trú ở Mạc Nam (nay là Nội Mông Cổ) phát sinh xung đột quân sự với quy mô nhỏ, tuy nhiên cho đến thời điểm này, thực lực Hậu Kim chưa đầy đủ nên Nỗ Nhĩ Cáp Xích không tiến hành chiến tranh với Nhà Minh và Mạc Nam Mông Cổ cùng một lúc. Sau thắng lợi của chiến dịch Tát Nhĩ Hử, Hậu Kim tiếp tục công kích quân Minh tại Thiết Lĩnh, Nhà Minh bị tổn thương nguyên khí nặng nề phải cầu viện Lâm Đan Hãn Mông Cổ, với điều kiện là lợi ích kinh tế cho Mông Cổ. Lâm Đan Hãn phái 5 bộ lạc Khách Nhĩ Khách và Khoa Nhĩ Thấm suất hơn 1 vạn quân chi viện cho quân Minh. Quân Mông Cổ còn đang tới Thiết Lĩnh thì Hậu Kim đã hạ được Thiết Lĩnh, sau đó đánh bại viện quân Mông Cổ với số lượng và sĩ khí chiếm ưu thế. Thất bại tại Thiết Lĩnh đã buộc Lâm Đan Hãn phải triệt thoái thế lực về Mạc Nam Mông Cổ.

Hoàng Thái Cực sau khi tức vị đã quyết định trước khi nam hạ nhập quan phải giải quyết mối lo sau lưng là Mông Cổ để tránh lặp lại sai lầm của nhà Kim đối với Nhà Nguyên trước đó. Để làm suy yếu thế lực Lâm Đan Hãn, Hoàng Thái Cực đã áp dụng một loạt chính sách vừa mềm dẻo vừa cứng rắn như liên hôn, khuyến dụ, chinh thảo,... Lại nói Lâm Đan Hãn về sau quy y Hồng giáo Tây Tạng do ảnh hưởng của Lạt ma Sa Nhĩ Ba Khắc Đồ, khiến nhiều bộ lạc vốn theo Hoàng giáo bất mãn. Đồng thời, trước ưu thế quân sự của Hậu Kim khiến các bộ lạc Mạc Nam Mông Cổ dần dần tan rã. Lâm Đan Hãn tuy có tổ chức lực lượng chống lại, nhưng quân đội của ông chán nản, nhiều người đầu hàng Hậu Kim. Tháng 3 Hoàng Thái Cực quyết định tự mình tiến hành chinh phạt Lâm Đan Hãn. Đại quân Hậu Kim áp sát biên giới, Lâm Đan Hãn triệt thoái về Khách Nhĩ Khách bộ ở Mạc Bắc, người Khách Nhĩ Khách không dung, Lâm Đan Hãn lại nhằm hướng tây mà trốn, trong khi bộ hạ liên tiếp đầu hàng Hoàng Thái Cực. Tới năm 1634 (Thiên Thông năm thứ 8, Minh Sùng Trinh năm thú 7), Lâm Đan Hãn chạy tới Đại Thảo Than (nay thuộc tỉnh Cam Túc) thì dừng lại hạ trại, rồi sau đó chết ở đấy vì bệnh, thế lực vì thế nhanh chóng sụp đổ. Năm 1635 (Thiên Thông năm thứ 9, Minh Sùng Trinh năm thứ 8), con trai Lâm Đan Hãn là Ngạch Triết đầu hàng Hoàng Thái Cực, lại dâng Truyền quốc ngọc tỷ mà Nguyên Huệ Tông nắm giữ khi rời khỏi Trung Nguyên trước đó, đến đây Mạc Nam Mông Cổ chính thức nhập vào bản đồ Hậu Kim.

Năm 1636, Hoàng Thái Cực xưng đế tại Thịnh Kinh (Thẩm Dương ngày nay), đổi quốc hiệu thành Đại Thanh, dâng tôn hiệu Khoan Ôn Nhân Thánh Hoàng đế (寬溫仁聖皇帝) [9], đổi tên tộc Nữ Chân thành Mãn Châu, đổi niên hiệu thành Sùng Đức, kết thúc giai đoạn Hậu Kim.